Detalhe da pesquisa
1.
Pandemic-scale phylogenomics reveals the SARS-CoV-2 recombination landscape.
Nature
; 609(7929): 994-997, 2022 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35952714
2.
Whole-genome Comparisons Identify Repeated Regulatory Changes Underlying Convergent Appendage Evolution in Diverse Fish Lineages.
Mol Biol Evol
; 40(9)2023 09 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37739926
3.
Tracking and curating putative SARS-CoV-2 recombinants with RIVET.
Bioinformatics
; 39(9)2023 09 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37651464
4.
DecentTree: scalable Neighbour-Joining for the genomic era.
Bioinformatics
; 39(9)2023 09 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37651445
5.
Online Phylogenetics with matOptimize Produces Equivalent Trees and is Dramatically More Efficient for Large SARS-CoV-2 Phylogenies than de novo and Maximum-Likelihood Implementations.
Syst Biol
; 72(5): 1039-1051, 2023 11 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37232476
6.
matOptimize: a parallel tree optimization method enables online phylogenetics for SARS-CoV-2.
Bioinformatics
; 38(15): 3734-3740, 2022 08 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35731204
7.
phastSim: Efficient simulation of sequence evolution for pandemic-scale datasets.
PLoS Comput Biol
; 18(4): e1010056, 2022 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35486906
8.
Stability of SARS-CoV-2 phylogenies.
PLoS Genet
; 16(11): e1009175, 2020 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-33206635
9.
A Daily-Updated Database and Tools for Comprehensive SARS-CoV-2 Mutation-Annotated Trees.
Mol Biol Evol
; 38(12): 5819-5824, 2021 12 09.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-34469548
10.
A fully-automated method discovers loss of mouse-lethal and human-monogenic disease genes in 58 mammals.
Nucleic Acids Res
; 48(16): e91, 2020 09 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-32614390
11.
A functional enrichment test for molecular convergent evolution finds a clear protein-coding signal in echolocating bats and whales.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(42): 21094-21103, 2019 10 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-31570615
12.
A framework for automated scalable designation of viral pathogen lineages from genomic data.
Nat Microbiol
; 9(2): 550-560, 2024 Feb.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38316930
13.
SARS-CoV-2 lineage assignments using phylogenetic placement/UShER are superior to pangoLEARN machine-learning method.
Virus Evol
; 10(1): vead085, 2024.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-38361813
14.
Whole-genome comparisons identify repeated regulatory changes underlying convergent appendage evolution in diverse fish lineages.
bioRxiv
; 2023 Jan 31.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-36778215
15.
Maximum likelihood pandemic-scale phylogenetics.
Nat Genet
; 55(5): 746-752, 2023 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37038003
16.
A lung-specific mutational signature enables inference of viral and bacterial respiratory niche.
Microb Genom
; 9(5)2023 05.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-37185044
17.
Maximum likelihood pandemic-scale phylogenetics.
bioRxiv
; 2022 Jul 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35350209
18.
Champagne: Automated Whole-Genome Phylogenomic Character Matrix Method Using Large Genomic Indels for Homoplasy-Free Inference.
Genome Biol Evol
; 14(3)2022 03 02.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35171243
19.
Identifying SARS-CoV-2 regional introductions and transmission clusters in real time.
Virus Evol
; 8(1): veac048, 2022.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35769891
20.
Online Phylogenetics using Parsimony Produces Slightly Better Trees and is Dramatically More Efficient for Large SARS-CoV-2 Phylogenies than de novo and Maximum-Likelihood Approaches.
bioRxiv
; 2022 May 18.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE | ID: mdl-35611334